Es el Órgano colegiado e independiente, integrado por cinco profesionales de alto grado de experiencia que tiene como finalidad designar el tribunal y actuar como segunda instancia, en casos excepcionales. Además, dentro de sus funciones se destaca: preparar y mantener nómina de posibles integrantes del tribunal y mediadores; nombrar a los integrantes del Tribunal y pronunciarse respecto de impugnaciones a nombramientos.

Actualmente, el Consejo está integrado por Carmen Elena Domínguez Soto, Vicedecana de la Facultad de Derecho de la UC; José Pedro Silva, Director del Programa de Reforma a la Justicia UC; Juan Larraín, Profesor y encargado de la Iniciativa de Ética Aplicadas de la UC; Carmen Román, directora de empresas; y Juan Eduardo Ibáñez, Director del Programa de Sostenibilidad Corporativa UC.